1988年1月,廣東實(shí)行市管縣體制,梅縣地區(qū)改為梅州市;3月,梅縣市建置撤銷,原梅縣市的行政區(qū)分設(shè)為梅縣和縣級(jí)梅江區(qū),梅江區(qū)由原梅縣市城區(qū)5個(gè)辦事處(金山、東山、黃塘、五洲、江南)和城郊5個(gè)鄉(xiāng)鎮(zhèn)(城北、東郊、西郊鄉(xiāng)和長(zhǎng)沙、三角鎮(zhèn))組建而成,為梅州市直轄縣級(jí)區(qū),治所在梅城江北仲元東路51號(hào)。
1989年,黃塘辦事處因城區(qū)有上黃塘、下黃塘、黃塘居委等名稱,容易混淆,經(jīng)省政府批準(zhǔn),將黃塘辦事處改名城西辦事處。
1998年,按省政府規(guī)定,理順農(nóng)村基層管理體制,撤銷管理區(qū)辦事處,設(shè)立村民委員會(huì)。全區(qū)60個(gè)管理區(qū)辦事處改設(shè)60個(gè)村民委員會(huì)。
1999年,經(jīng)省政府批準(zhǔn),撤銷城北鄉(xiāng)、東郊鄉(xiāng)、西郊鄉(xiāng)建置,設(shè)立城北鎮(zhèn)、東郊鎮(zhèn)、西郊鎮(zhèn)。
2002年7月,經(jīng)省政府批準(zhǔn),梅江區(qū)部分鎮(zhèn)、辦事處行政區(qū)劃進(jìn)行調(diào)整。撤銷東山街道辦事處、東郊鎮(zhèn)將其行政區(qū)域并入金山街道辦事處,撤銷西郊鎮(zhèn)、城西街道辦事處,設(shè)立西郊街道辦事處,撤銷五洲街道辦事處,將其行政區(qū)域并入城北鎮(zhèn)。調(diào)整后,梅江區(qū)轄長(zhǎng)沙、三角和城北3個(gè)鎮(zhèn)和金山、西郊、江南3個(gè)街道辦事處,下轄54個(gè)村民委員會(huì)和38個(gè)社區(qū)居民委員會(huì)。
2012年9月23日,經(jīng)省人民政府同意,省民政廳印發(fā)《廣東省民政廳關(guān)于同意梅縣西陽鎮(zhèn)劃歸梅州市梅江區(qū)管轄的批復(fù)》,同意梅縣西陽鎮(zhèn)劃歸梅州市梅江區(qū)管轄。調(diào)整后,梅江區(qū)轄長(zhǎng)沙、三角、城北、西陽4個(gè)鎮(zhèn)和金山、西郊、江南3個(gè)街道,下轄81個(gè)村民委員會(huì)和45個(gè)社區(qū)居民委員會(huì)。
2018年9月金山街道新設(shè)群福社區(qū),三角鎮(zhèn)新設(shè)同心社區(qū)。設(shè)立后,梅江區(qū)轄長(zhǎng)沙、三角、城北、西陽4個(gè)鎮(zhèn)和金山、西郊、江南3個(gè)街道,下轄81個(gè)村民委員會(huì)和47個(gè)社區(qū)居民委員會(huì)。
2019年11月三角鎮(zhèn)新設(shè)龍東社區(qū)。設(shè)立后,梅江區(qū)轄長(zhǎng)沙、三角、城北、西陽4個(gè)鎮(zhèn)和金山、西郊、江南3個(gè)街道,下轄81個(gè)村民委員會(huì)和48個(gè)社區(qū)居民委員會(huì)。
2022年12月三角鎮(zhèn)新設(shè)利園社區(qū),西郊街道新設(shè)瑞興社區(qū)。設(shè)立后,梅江區(qū)轄長(zhǎng)沙、三角、城北、西陽4個(gè)鎮(zhèn)和金山、西郊、江南3個(gè)街道,下轄81個(gè)村民委員會(huì)和50個(gè)社區(qū)居民委員會(huì)。